Kelas yang lebih tinggi dari Sharingan adalah Mangekyou Sharingan, yang didapatkan hanya setelah penggunanya mengalami trauma karena melihat langsung kematian orang yang mereka sayangi. Terlepas dari manfaatnya, Mangekyou Sharingan mempunyai bentuk yang berbeda-beda tergantung penggunanya. Berikut merupakan jenis mata Mangekyou Sharingan yang ada di anime Naruto.
Madara
Madara Uchiha adalah pemimpin legendaris klan Uchiha. Dia mendirikan Konohagakure bersama dengan teman dan rivalnya Hashirama Senju, dengan maksud untuk memulai era damai. Dia memalsukan kematiannya dan menyusun rencana dengan Obito Uchiha.
Bertahun-tahun kemudian, Madara dihidupkan kembali dan memulai perang besar di dunia shinobi. Sharingan juga menjadi andalah dari Madara sebagai pemimpin klan Uchiha.
Mata Mangekyou Sharingan Madara mempunyai bentuk tiga garis vertikal dan 3 titik.
Itachi
Itachi Uchiha adalah tokoh penting dan fenomenal di klan Uchiha maupun di desa Konoha. Dia menjadi penjahat internasional setelah membunuh seluruh klannya dengan hanya mengampuni adik laki-lakinya, Sasuke. Dia kemudian bergabung dengan organisasi kriminal yang dikenal sebagai Akatsuki.
Sebagai anggota Akatsuki, Itachi sering terlibat konflik dengan shinobi Konoha dan bahkan Sasuke. Meskipun begitu, setelah kematiannya, dia ternyata memiliki tujuan yang mulia dibalik tindakannya yang kejam itu. Di awal anime Naruto, Itachi dikenal dengan keahliannya yang sangat hebat dalam menggunakan Sharingan, khususnya Mangekyou Sharingan.
Mangekyou Sharingan Itachi berbentuk seperti baling-baling helikopter, atau shuriken unik, berjumlah 3.
Sasuke
Sasuke Uchiha adalah anggota terakhir dari klan Uchiha Konohagakure. Setelah kakaknya, Itachi, membantai klan mereka, Sasuke mewujudkan misinya dalam hidup untuk membalas dendam dengan membunuh Itachi. Dia merupakan anggota Tim 7 bersama dengan Naruto dan Sakura. Tahun-tahunnya dilalui untuk membalas dendam.
Pada akhirnya, dia berhasil membalaskan dendamnya dengan membunuh Itachi, kakaknya. Setelah perang dunia shinobi yang terakhir, Sasuke memutuskan untuk kembali ke Konoha dan mengabdikan hidupnya untuk membantu melindungi desa dan penduduknya.
Mata Mangekyou Sharingan yang dimiliki oleh Sasuke sangat unik dan menawan. Motifnya berbentuk seperti bunga dalam lukisan.
Kakashi
Kakashi Hatake adalah shinobi dari Konoha. Dia adalah satu-satunya orang yang memiliki Sharingan di luar anggota klan Uchiha. Sharingan di salah satu matanya merupakan pemberian dari rekannya di masa kecil, Obito Uchiha yang mengalami kecelakaan dan mati. Dia adalah salah satu ninja Konoha yang paling berbakat.
Kakashi merupakan wali dari Tim 7 dan selalu mengajarkan mengenai pentingnya kerja sama tim. Setelah perang dunia shinobi keempat, Kakashi menjadi Hokage keenam Konoha.
Meskipun bukan dari klan Uchiha, Kakashi dapat juga menggunakan Mangekyou Sharingan. Mangekyou Sharingan milik Kakashi berbentuk seperti milik Itachi dengan motif lingkaran di tengahnya.
Hanya saja, mungkin karena Kakashi bukan Uchiha asli, warna sharingan-nya juga lebih redup kalau dibandingkan dengan milik Itachi.